Masyarakat memproduksi air limbah dari kegiatan sehari – hari. Air limbah tersebut jika dibuang langsung ke badan air bukan hanya merusak lingkungan namun juga dapat mengancam kesehatan masyarakat karena menyebabkan penyakit-penyakit berbasis air (waterborne disease) seperti diare, thyphus dan kolera. Hal tersebut dapat dicegah dengan mengolah air limbah, yaitu melalui penggunaan tangki septik yang sesuai standar dan melakukan penyedotan lumpur tinja secara berkala agar air yang keluar dari tangki septik sudah aman dan tidak mencemari air tanah atau air permukaan.

Pengelolaan air limbah dapat dilakukan melalui 2 pendekatan, pendekatan pertama yakni pendekatan terpusat yang menggunakan system perpipaan untuk mengalirkan air limbah ke Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL), saat ini Paljaya dengan IPAL Setiabudi dan IPAL Krukut melayani zona 0 dengan kapasitas total sekitar 30.000 m3/hari yang saat ini melayani 2.699.205 PE dan akan terus bertambah seiring perluasan jaringan perpipaan.

Pendekatan kedua adalah melalui penggunaaan sistem setempat dimana masing-masing rumah memiliki tangki septik yang untuk dapat dikatakan aman harus dilakukan penyedotan lumpur tinja secara berkala minimal 3 tahun sekali. Saat ini DKI Jakarta memiliki 2 Instalasi Pengolahan lumpur tinja di Pulo Gebang dan Duri Kosambi yang beroperasi dengan kapasitas total 1.800 m3/hari.